作为公安机关，若因事实查证不清而做出不予处罚决定，并在后续被提起行政复议，确实存在败诉的可能性，但并非绝对。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律原则与规定

1. 依法行政原则：公安机关在行使职权时，必须严格依照法律、法规的规定进行。若事实查证不清，导致不予处罚决定缺乏充分的事实依据，则可能违反依法行政原则。
2. 行政复议的审查范围：根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，行政复议机关会对具体行政行为的合法性、合理性进行全面审查。若不予处罚决定因事实查证不清而被认为违法或不当，复议机关有权予以撤销或变更。

二、败诉的可能性分析

1. 事实认定不清：若公安机关在调查过程中未能充分收集证据，导致事实认定不清，进而作出不予处罚决定，这将成为复议机关审查的重点。若复议机关认为事实认定存在重大瑕疵，可能会撤销原不予处罚决定。
2. 法律适用错误：除了事实认定问题外，若公安机关在作出不予处罚决定时法律适用错误，如错误引用了法律条款或误解了法律精神，同样可能导致复议败诉。
3. 程序违法：若公安机关在作出不予处罚决定的过程中存在程序违法，如未依法履行告知义务、未听取当事人陈述申辩等，这也可能成为复议机关撤销原决定的理由。

三、应对建议

1. 加强事实调查：公安机关在作出不予处罚决定前，应确保事实调查充分、证据确凿。若事实存在争议或不明确，应进一步调查取证，以形成完整、确凿的证据链。
2. 严格法律适用：公安机关在作出不予处罚决定时，应准确引用法律条款，正确理解法律精神，确保法律适用无误。
3. 遵循法定程序：公安机关在作出不予处罚决定的过程中，应严格遵守法定程序，确保当事人的合法权益得到充分保障。

四、实际案例参考

在实际操作中，已有因事实查证不清而导致公安机关在行政复议中败诉的案例。这些案例通常涉及证据收集不充分、事实认定存在争议等问题。因此，公安机关应从中吸取教训，加强事实调查和法律适用，以避免类似情况的发生。

若公安机关因事实查证不清而做出不予处罚决定，并在后续被提起行政复议，确实存在败诉的风险。为降低此风险，公安机关应加强事实调查、严格法律适用并遵循法定程序。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。