结论前置：撤销行政处罚决定后需分两个案由重新办理的，应当遵循法定程序，确保每个案由的办理都符合法律规定，具体处理方式如下：

1. 明确两个案由的具体内容：

   • 首先，需要明确这两个案由分别涉及什么违法行为或事实。这通常要求对原行政处罚决定进行详细审查，理解其被撤销的原因，并据此确定新的案由。例如，原处罚可能因证据不足被撤销，而重新办理时可能发现存在两个独立的违法行为，需要分别处理。

2. 分别启动行政程序：

   • 针对每个案由，行政机关应分别启动行政程序。这包括立案、调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出行政处罚决定等步骤。每个程序都应独立进行，确保每个案由的处理都符合法定程序。

3. 确保证据充分且合法：

   • 在重新办理过程中，行政机关应确保收集到的证据充分、合法，能够支持对每个案由的认定。证据应真实、客观，且与案由直接相关。如果证据不足或存在瑕疵，可能导致新的行政处罚决定再次被撤销。

4. 遵循法定时限：

   • 行政机关在重新办理过程中，应严格遵守法定时限。这包括立案时限、调查取证时限、作出行政处罚决定时限等。逾期未作出决定的，可能构成程序违法，影响行政处罚的效力。

5. 保障当事人权利：

   • 在重新办理过程中，行政机关应充分保障当事人的权利，包括知情权、陈述申辩权、申请听证权等。当事人有权了解案件进展、提出异议和证据、申请听证等。行政机关应认真听取当事人的意见，确保行政处罚决定的公正性和合法性。

6. 注意程序衔接与协调：

   • 虽然两个案由需要分别办理，但行政机关也应注意程序之间的衔接与协调。例如，在调查取证过程中，如果发现两个案由之间存在关联或相互影响，应及时调整调查方向，确保案件处理的全面性和准确性。

特殊场景提醒：如果两个案由之间存在紧密的关联或相互影响，行政机关在重新办理时可能需要考虑整体处理方案，以避免出现矛盾或重复处理的情况。在这种情况下，建议行政机关与当事人进行充分沟通，明确处理方式和程序，确保案件处理的公正性和效率性。

在处理此类复杂情况时，如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。