针对您提出的“父亲告儿子要抚养费但证明不了亲子关系，法院会立案吗”这一问题，我的分析如下：

1. 立案的基本条件：

   • 法院立案主要依据的是原告的起诉是否符合法律规定的条件，包括原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由、属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖等。
   • 在抚养费纠纷中，原告（父亲）需要证明其与被告（儿子）之间存在亲子关系，这是主张抚养费的基础。然而，立案阶段并不要求原告必须提供确凿无疑的亲子关系证明，而是要求原告提出初步的事实和理由，表明其与被告之间可能存在亲子关系，并因此有权主张抚养费。

2. 亲子关系证明的缺失：

   • 如果原告在立案时无法提供亲子关系的直接证明（如出生证明、亲子鉴定报告等），这并不意味着法院会直接拒绝立案。法院可能会要求原告在后续的诉讼过程中补充证据，或者通过其他方式（如调查取证、证人证言等）来查明亲子关系。
   • 在某些情况下，如果原告能够提供其他间接证据（如共同生活的照片、视频、证人证言等），这些证据也可能被法院采纳，作为认定亲子关系的参考。

3. 法院的处理方式：

   • 如果法院认为原告的起诉符合立案条件，即使亲子关系证明不充分，法院也会先予立案，并在后续的诉讼过程中要求双方提供证据，查明事实真相。
   • 如果经过审理，法院认为原告无法提供足够的证据证明亲子关系，或者提供的证据不足以支持其主张，法院可能会驳回原告的诉讼请求。但这并不影响原告在后续有新证据时再次提起诉讼。

4. 法律建议：

   • 对于原告来说，如果确实无法提供亲子关系的直接证明，可以尝试收集其他间接证据，或者向法院申请调查取证，以查明亲子关系。
   • 同时，原告也可以考虑与被告进行协商，看是否能够达成和解协议，避免诉讼带来的时间和金钱成本。

综上所述，即使父亲在告儿子要抚养费时证明不了亲子关系，法院也可能会先予立案，并在后续的诉讼过程中要求双方提供证据，查明事实真相。因此，父亲在无法提供亲子关系直接证明的情况下，仍然有可能向法院提起诉讼并要求立案。但需要注意的是，为了增加胜诉的可能性，父亲应该尽可能收集并提供相关证据来支持其主张。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。