律师查公司内档后，公司通常会知道。这主要基于以下几个方面的分析：

一. 调查令的使用与接触

根据一般的法律实践，律师在调查取证时，如果需要使用法院调查令，通常需要与被调查方（即公司）进行直接接触。在这一过程中，律师会向相关单位或个人出示调查令以收集证据。由于这种直接接触，公司自然会知晓律师正在进行调查。

二. 公司管理流程与审批

从公司的管理流程来看，当律师或任何外部人员提出查阅公司内部档案的申请时，这一申请通常需要经过公司相关部门的审批和处理。在这一审批过程中，公司相关部门会了解到有人提出了查阅档案的申请，因此公司也会知道这一行为。

三. 法律义务与配合

根据法律规定，被调查方（即公司）在接到法院调查令或相关查阅申请后，有义务配合律师或相关人员的调查工作。这意味着公司需要提供相关信息或文件。因此，即使律师希望保持低调，公司也会因为法律义务而知晓调查的存在。

四. 保密性与知情权

虽然律师在调查过程中会尽量保持低调和保密，但由于需要与被调查方接触并出示相关文件，因此很难完全避免对方知晓。同时，公司也有权了解与其相关的调查活动，以确保其合法权益不受侵犯。

总结

综上所述，律师查公司内档后，公司通常会因为律师的直接接触、公司内部的审批流程以及法律义务的配合而知道这一行为。然而，这并不意味着公司可以随意泄露或公开律师的调查内容，根据相关法律法规和公司内部管理制度，公司应当严格保护相关信息的安全和保密性。

我建议在进行此类调查时，律师应尽可能与被调查方进行沟通，说明调查的目的和范围，以减轻对方的疑虑和不安。同时，律师也应确保调查过程的合法性和正当性，避免侵犯他人的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。