结论：公司在通常情况下无法直接查询到员工是否有案底，因为案底属于个人隐私，受到法律的严格保护。仅在特定情况下，如法律允许或个人主动披露时，公司才可能得知案底信息。以下是对此问题的详细分析：
一、普通情况下公司无法直接查询案底
法律限制与隐私保护：
- 案底，即犯罪记录，是个人隐私的重要组成部分，受《中华人民共和国刑事诉讼法》等法律法规的严格保护。公安机关等司法机关对犯罪记录实行专门保管，并有严格的管理制度和程序，确保这些信息不会随意泄露给普通公司或单位。
- 根据相关法律规定，犯罪时不满十八周岁且被判处五年有期徒刑以下刑罚的犯罪记录应予以封存，不得向任何单位和个人提供，除非司法机关为办案需要或有关单位根据国家规定进行查询。
商业背景调查机构的局限性：
- 一般的商业背景调查机构无法获取到这些受严格保护的司法记录，因为它们没有法定的查询权限和渠道。因此，公司通过商业背景调查机构也难以直接查询到员工的案底信息。
二、特定情况下公司可能得知案底信息
个人主动披露：
- 在求职、业务往来或其他场合中，个人可能会出于诚信原则或特定要求，主动向公司披露自己的案底情况。这种情况下，公司会得知员工的案底信息，但这是基于个人的自愿披露。
法律规定的特殊行业查询：
- 对于某些特定行业或职位，如金融、安保、教育、航空以及涉及国家安全或公共利益的职业（如公务员、警察），法律法规可能允许或要求公司在进行背景调查时查询应聘者的犯罪记录。
- 在这种情况下，公司可以向有管辖权的公安机关提出申请，并按照正规流程进行查询核实。但即便如此，公司也必须确保查询过程的合法性和合规性，避免侵犯求职者的隐私权和其他合法权益。
工作过程中涉及法律纠纷或合理怀疑：
- 如果员工在工作过程中涉及法律纠纷或公司有合理怀疑员工存在犯罪行为可能影响工作，且经过法定程序和员工同意，公司可以向有关部门申请协助调查犯罪记录情况。但这种情况较为特殊，且需要满足严格的法律条件。
三、公司使用犯罪记录的限制
即使公司在特定情况下能够查询到员工的犯罪记录，也不能因此而歧视或拒绝录用该员工。我国劳动法等相关法律法规明确规定，用人单位在招聘过程中应当遵守平等就业的原则，不得因劳动者的犯罪记录而对其进行不合理的差别对待。
四、建议与指导
- 尊重个人隐私权：公司在招聘员工或进行业务合作时，应尊重个人的隐私权，避免非法查询和使用案底信息。
- 依法依规进行查询：如确需查询员工的犯罪记录，公司应依法依规进行申请和操作，并确保查询结果的合法使用。
- 咨询专业律师：在涉及复杂法律问题时，公司可以咨询专业律师以获取更具体和个性化的法律建议。不过，在这里你可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律解答。
综上所述，公司在通常情况下无法直接查询到员工是否有案底，这既是法律保护个人隐私的体现，也是维护社会公正和秩序的重要措施。在特定情况下，公司如需查询员工的犯罪记录，必须严格遵守相关法律法规和程序要求。