公司之间的往来款在特定情况下会被认定为借款，以下是对这一问题的详细分析：
存在明确借款合意：
- 当双方公司签订了借款合同，并在合同中详细约定了借款金额、还款期限、利息计算方式等条款时，往来款即可被认定为借款。这是认定借款最直接、最明确的证据。
打款备注或后续沟通明确：
- 若在打款时备注了“借款”，或者双方在后续的沟通记录中明确提到了借款事宜，那么这笔往来款也有可能被认定为借款。但这种情况下，仍需结合款项用途、双方沟通记录等综合判断。
款项用途与借款性质相关：
- 如果款项的用途与借款性质相关，例如用于企业临时资金周转、特定项目投资等，且没有其他合理的业务往来解释，那么这笔往来款更有可能被认定为借款。
缺乏其他合理业务往来解释：
- 当双方公司之间没有其他合理的业务往来可以解释这笔款项时，例如没有签订相关的供销合同、服务合同等，那么这笔往来款更有可能被认定为借款。但这一判断需要综合考虑双方公司的业务范围、交易习惯等因素。
法律建议：
- 在公司之间进行资金往来时，建议明确款项的性质和用途，并签订相关的合同或协议以避免争议。
- 如果发生争议，应及时收集并保留相关证据，如借款合同、打款记录、沟通记录等，以便在需要时进行维权。
可能的法律后果：
- 如果公司之间的往来款被认定为借款，而借款方未能按时还款，那么出借方有权要求借款方承担还款责任，并可能要求支付逾期利息或违约金。
- 如果双方对款项性质存在争议，且无法通过协商解决，那么可能需要通过法律途径进行解决，这将耗费双方的时间和精力，并可能对公司的声誉和业务造成一定影响。
综上所述，公司之间的往来款在特定情况下会被认定为借款，这需要综合考虑双方公司的借款合意、打款备注或后续沟通、款项用途以及缺乏其他合理业务往来解释等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。