诊所备案凭证的持有者并非原始股东时，仍然可以变更法人。诊所备案凭证的变更与原始股东身份无直接关联，关键在于遵循相关法律法规和程序进行法人变更。以下是关于诊所备案证变更法人的详细流程及建议：

1. 准备材料：

   • 申请书：明确阐述变更法人的缘由。
   • 法人资格证明文件：如新法人的身份证等。
   • 诊所的相关资质证书：确保诊所具备合法运营的资格。
   • 原法人签署的同意变更的文件：证明原法人对变更事项的认可。

2. 提交申请：

   • 将准备好的各项材料提交给当地卫生健康行政部门。
   • 确保材料齐全、准确，以避免因材料问题导致的审核延误或驳回。

3. 审核与核查：

   • 卫生健康行政部门会对提交的申请及材料进行审核，主要关注材料的真实性、完整性以及变更事项是否符合相关规定。
   • 若审核通过，会安排现场核查，检查诊所实际情况是否与变更后的法人管理模式等相匹配。

4. 办理变更手续：

   • 核查通过后，卫生健康行政部门会依法办理诊所备案证法人变更手续。
   • 诊所需按照要求及时领取新的诊所备案证，并确保相关信息在规定时间内完成更新公示等后续工作。

法律建议：

• 在进行法人变更前，建议诊所与原始股东进行充分沟通，确保变更事项得到所有相关方的认可和支持。
• 变更过程中，应严格遵守相关法律法规和程序，确保变更的合法性和有效性。
• 若在变更过程中遇到任何法律问题或困难，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和支持。

可能的法律后果：

• 若未按照相关法律法规和程序进行法人变更，可能会导致变更无效或面临其他法律后果。
• 变更过程中若存在欺诈、隐瞒等违法行为，还可能承担相应的法律责任。

综上所述，诊所备案凭证的持有者并非原始股东时，仍然可以变更法人，但需严格遵循相关法律法规和程序进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。