针对您提出的“运输有限公司会计的凭证丢失，公司谁担刑事责任”这一问题，以下是我的详细解答：
刑事责任承担主体分析：
- 直接责任人员：根据《会计法》的相关规定，若因未按照规定保管凭证而导致丢失，直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能会面临法律责任。在运输有限公司中，会计作为直接负责凭证保管的人员，若因其疏忽或故意行为导致凭证丢失，且该行为构成犯罪（如涉嫌隐匿、故意销毁会计凭证、会计账簿、财务会计报告罪等），则会计本人可能需要承担刑事责任。
- 公司管理层责任：虽然公司管理层不直接参与凭证的保管，但若其存在管理不善、监督不力等过失行为，导致凭证丢失事件发生，且该过失行为与凭证丢失之间存在因果关系，那么管理层也可能需要承担一定的法律责任，不过这种责任更多是行政责任或民事责任，而非直接的刑事责任。当然，如果管理层直接参与或指使了凭证的隐匿、销毁等行为，则同样可能构成犯罪并承担刑事责任。
刑事责任的具体认定：
- 刑事责任的认定需要综合考虑多个因素，包括但不限于凭证丢失的原因、性质、后果以及行为人的主观故意或过失等。若凭证丢失是由于不可抗力因素（如被盗、失窃等）导致，且行为人已及时采取补救措施，则可能不构成犯罪或免除刑事责任。
- 若凭证丢失是由于行为人的故意或重大过失导致，且该行为已严重违反了相关法律法规的规定，造成了严重的后果（如影响了公司的正常运营、损害了股东或债权人的利益等），则行为人可能需要承担刑事责任。
法律建议与预防措施：
- 对于运输有限公司而言，应建立健全的凭证管理制度，明确凭证的保管、使用、销毁等流程，并加强对会计人员的培训和管理，提高其法律意识和责任意识。
- 若发生凭证丢失事件，公司应及时采取补救措施，如报警、挂失、补办等，并积极配合相关部门的调查和处理工作。
- 若您或公司面临相关法律问题或疑虑，建议及时向我咨询，以便获得更专业、更具体的法律建议和帮助。
综上所述，运输有限公司会计的凭证丢失事件中，刑事责任的承担主体需根据具体情况进行综合判断。若您或公司有相关法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。