针对您提出的问题“合作方在合伙人不知情的情况下通过关系把公司款转入别的公司是什么情况”，以下是我的详细分析和建议：

1. 可能涉及的法律问题：

   • 挪用资金罪：如果合作方利用职务之便，未经合伙人同意，擅自将公司资金转入其他公司，且数额较大，可能构成挪用资金罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，都可能构成此罪。
   • 职务侵占罪：若合作方以非法占有为目的，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，还可能构成职务侵占罪。
   • 违反公司章程或合同约定：合作方的行为可能违反了公司章程或与合伙人之间的合同约定，导致违约责任的产生。

2. 法律后果：

   • 刑事责任：如果合作方的行为构成犯罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
   • 民事责任：合作方可能需要承担因违约或侵权行为给公司或合伙人造成的损失，包括返还资金、赔偿损失等。
   • 公司治理影响：此类行为可能破坏公司的正常治理结构，影响公司的稳定运营和信誉。

3. 建议措施：

   • 立即调查：公司应尽快对合作方的行为进行调查，收集相关证据，包括转账记录、合同文件、公司章程等。
   • 法律咨询：鉴于此类问题的复杂性，建议公司立即咨询专业律师，了解具体的法律责任和可能的法律后果，以及如何采取有效的法律措施来维护公司的权益。
   • 内部整改：公司应加强内部管理，完善财务制度和审批流程，防止类似事件再次发生。
   • 协商或诉讼：根据调查结果和律师的建议，公司可以考虑与合作方进行协商，寻求和解方案；若协商无果，则可以通过法律途径追究合作方的责任。

4. 注意事项：

   • 保护证据：在调查过程中，务必注意保护相关证据，避免证据被篡改或销毁。
   • 及时行动：一旦发现合作方有不当行为，应立即采取行动，防止损失进一步扩大。
   • 合规经营：公司应始终遵守法律法规和公司章程的规定，确保合规经营。

综上所述，合作方在合伙人不知情的情况下通过关系把公司款转入别的公司，可能涉及严重的法律问题。公司应尽快采取措施进行调查和处理，以维护自身的合法权益。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请随时向我咨询。