结论：晚上九点半喝完两瓶500ml啤酒到凌晨三点是否算酒驾，不能一概而论，需要结合具体检测的血液酒精含量来判断。但一般来说，这个时间段内酒精可能尚未完全代谢，存在酒驾的风险。

分析：

1. 酒驾的定义：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，酒驾是指车辆驾驶人员血液中的酒精含量大于或者等于20mg/100ml，小于80mg/100ml的驾驶行为。

2. 酒精代谢时间：

   • 酒精在人体内的代谢速度因人而异，受到体重、性别、饮酒量、饮酒速度、食物摄入等多种因素的影响。
   • 一般来说，酒精在人体内的代谢速度约为每小时10-15mg/100ml，但这只是一个大致的估计，并不适用于所有人。

3. 本案情况分析：

   • 用户在晚上九点半喝完两瓶500ml啤酒，到凌晨三点时，时间间隔约为5.5小时。
   • 在这个时间段内，酒精可能尚未完全代谢，尤其是如果用户体重较轻、饮酒速度较快或没有摄入足够的食物来减缓酒精吸收，那么血液中的酒精含量可能仍然较高。

4. 法律后果：

   • 如果用户在凌晨三点时驾驶车辆，且血液中的酒精含量达到或超过20mg/100ml，那么将构成酒驾，面临罚款、暂扣驾驶证、甚至拘留等法律后果。
   • 如果血液中的酒精含量达到或超过80mg/100ml，那么将构成醉驾，面临的法律后果将更为严重，包括吊销驾驶证、五年内不得重新取得驾驶证、甚至可能追究刑事责任。

建议：

• 为了避免酒驾的风险，建议用户在饮酒后不要立即驾驶车辆，而是应该等待足够的时间让酒精完全代谢。
• 如果不确定自己是否适合驾驶，可以使用酒精测试仪进行自测，或者选择其他交通方式如打车、乘坐公共交通等。
• 如果有任何关于酒驾的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律解答和建议。