请假超过三次底薪减半这一做法通常是不合法的。以下是从不同角度的分析：
从劳动合同的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同，并明确约定工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等条款。底薪作为劳动报酬的一部分，其数额和支付方式应当在劳动合同中明确约定，并受到法律的保护。
- 如果用人单位在劳动合同中未明确约定请假超过一定次数底薪减半的条款，或者该条款违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么这一做法就是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照劳动合同的约定支付全额底薪。
从公司规章制度的角度：
- 虽然用人单位有权制定内部规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理，并且不得与法律法规相抵触。
- 如果用人单位的规章制度中规定了请假超过三次底薪减半的条款，但该条款未经过民主程序制定（如未征求员工意见、未进行公示等），或者该条款本身就不合法（如违反了最低工资标准等），那么这一条款也是无效的。劳动者有权拒绝执行这一不合理的规章制度。
从劳动法律法规的角度：
- 劳动法律法规旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动者在获得劳动报酬、休息休假、社会保险等方面享有平等的权利。
- 请假超过三次底薪减半的做法显然违反了劳动法律法规中关于劳动报酬支付的规定，也损害了劳动者的合法权益。因此，这一做法是不合法的。
法律建议：
- 如果您遇到了请假超过三次底薪减半的情况，建议您首先与用人单位进行沟通协商，要求其按照劳动合同的约定支付全额底薪。
- 如果沟通协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，请务必保留好相关证据（如劳动合同、工资条、请假记录等），以便在需要时提供证明。
可能的法律后果：
- 如果用人单位坚持执行不合理的底薪减半做法，并且拒绝改正或赔偿劳动者的损失，那么用人单位可能会面临劳动监察部门的处罚、劳动仲裁委员会的裁决以及可能的法律诉讼等法律后果。
- 同时，这种不合理的做法也可能会损害用人单位的声誉和形象，影响其与员工之间的关系和信任度。
综上所述，请假超过三次底薪减半这一做法通常是不合法的。如果您遇到了类似的情况，请务必及时采取措施来维护自己的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。