科研用地租给商户是否违法，需结合具体情况判断，但一般情况下可能存在违规风险。以下从不同角度进行分析：
科研用地的性质与用途限制
- 科研用地通常是指用于科学研究、技术开发、实验等活动的土地，其用途受到严格的限制。根据《土地管理法》及相关规定，土地用途一旦确定，不得随意改变。
- 如果科研用地被租给商户用于商业经营，如开设店铺、餐厅等，这明显改变了土地的原有用途，可能违反了土地用途管制的规定。
租赁合同的合法性
- 租赁合同本身并不直接决定土地用途的合法性，但合同内容必须符合法律法规的规定。如果租赁合同中明确约定了土地用途为科研，而实际使用却为商业，那么该合同可能因违反法律法规而无效或部分无效。
- 此外，即使租赁合同中未明确约定土地用途，但出租方或承租方明知或应知土地用途为科研而仍将其用于商业经营，也可能构成违法。
可能的法律后果
- 如果科研用地被非法租给商户用于商业经营，相关部门（如国土资源部门）有权进行查处，并可能要求恢复土地原状、罚款等。
- 对于出租方和承租方而言，他们可能面临行政处罚、民事赔偿等法律责任。特别是如果因改变土地用途导致第三方损失（如相邻土地所有者或使用者的权益受损），还可能承担侵权责任。
特殊情况与例外
- 在某些特殊情况下，如政府为了促进区域经济发展或满足特定需求，可能允许科研用地在符合一定条件下进行临时性或限制性的商业使用。但这种情况通常需要经过严格的审批程序，并受到严格的监管。
- 此外，如果科研用地本身就包含了部分商业设施或功能（如科研园区内的配套商业设施），且这些商业设施或功能符合土地用途规划和管理要求，那么将其租给商户可能并不违法。
综上所述，科研用地租给商户是否违法需结合具体情况判断。但一般情况下，如果未经批准擅自改变土地用途用于商业经营，可能存在违规风险。因此，在涉及科研用地租赁时，建议双方务必了解并遵守相关法律法规的规定，确保土地用途的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。