针对您提出的“合作合同到期未续签，但是双方依然有合作意向，其保证金条款适用诉讼时效吗”这一问题，我的分析如下：
结论前置：
保证金条款本身不直接适用诉讼时效：诉讼时效主要适用于请求权，即权利人请求义务人履行义务的权利。而保证金条款是合同中的一项约定，它规定了保证金的缴纳、退还等条件，并不直接构成一项请求权。因此，保证金条款本身并不直接适用诉讼时效。
因保证金条款产生的请求权可能适用诉讼时效：如果因保证金条款产生了具体的请求权，比如要求退还保证金、要求支付保证金利息等，那么这些请求权就可能适用诉讼时效。具体来说，如果双方在合作合同到期后，因保证金退还问题产生纠纷，一方要求另一方退还保证金，那么这个退还保证金的请求权就可能受到诉讼时效的限制。
详细分析：
保证金条款的性质：保证金条款是合同双方为了保障合同履行而约定的一项条款。它通常规定了保证金的缴纳金额、缴纳时间、退还条件等。在合同履行过程中，保证金可能作为履约担保，也可能在合同终止后作为违约赔偿的一部分。但无论如何，保证金条款本身并不构成一项独立的请求权。
诉讼时效的适用范围：诉讼时效主要适用于请求权，即权利人请求义务人履行义务的权利。这些权利可能基于合同、侵权行为、无因管理、不当得利等产生。在合同纠纷中，诉讼时效通常适用于要求对方履行合同义务（如支付货款、交付货物等）或承担违约责任（如赔偿损失）的请求权。
保证金条款产生的请求权：虽然保证金条款本身不直接适用诉讼时效，但因保证金条款产生的具体请求权可能适用诉讼时效。比如，如果合同到期后，一方要求另一方退还保证金，而另一方拒绝退还，那么要求退还保证金的请求权就可能受到诉讼时效的限制。此时，权利人需要在诉讼时效期间内提起诉讼或采取其他法律措施来维护自己的权益。
法律建议：
及时行使请求权：如果因保证金条款产生了具体的请求权，并且这个请求权可能受到诉讼时效的限制，那么权利人应该及时行使这个请求权，避免在诉讼时效期间届满后失去法律保护。
保留相关证据：在行使请求权的过程中，权利人应该保留好与保证金条款相关的所有证据，包括合同文本、保证金缴纳凭证、双方沟通记录等。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
咨询专业律师：虽然我在这里给出了初步的分析和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，如果您在处理保证金条款相关的问题时遇到困难或不确定如何操作，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
综上所述，保证金条款本身并不直接适用诉讼时效，但因保证金条款产生的具体请求权可能适用诉讼时效。在处理相关问题时，权利人应该及时行使请求权并保留好相关证据。如有需要，请随时向我咨询。