关于虚开发票后公司是否会在几年后就不再追究的问题，这实际上涉及到了税收法律法规中的追征期和处罚追溯期。

首先，我们需要明确的是，税务机关对税务违法行为的行政处罚追溯期限通常为五年。这意味着，如果虚开发票的行为在五年内未被税务机关发现，那么从法律上讲，公司可能不会再因此受到行政处罚。然而，这并不意味着公司可以完全摆脱责任，因为税款及滞纳金的追征期可能因具体情况而有所不同。

具体来说，税款追征期一般也为五年，但涉及偷税、骗税、抗税及欠税等特殊情形的，追征期限则不受限制。对于虚开发票的行为，税务机关会结合业务真实性、主观状态、税款损失情况等因素进行综合判断。如果虚开发票的行为被认定为偷税、骗税等严重违法行为，那么税款追征期将不受五年限制，公司可能需要面临无限期的税款追缴。

此外，即使虚开发票的行为在五年内未被发现，从而避免了行政处罚，但公司仍可能因账务调整而面临经济损失。因为虚开发票导致的进项税额转出等账务调整，可能会使公司需要补缴相应的税款和附加税费。

以南京YS机械制造有限公司的案例为例，该公司五年前接受了上游企业虚开的增值税专用发票，但税务机关在五年后才查实。由于该公司被认定为善意取得虚开发票（满足真实交易、资金流一致且无主观故意），且超过了五年的追征期，因此不再追征增值税及附加税费。然而，该公司仍需将已抵扣的进项税额转出，导致需补缴对应税款，最终自行承担了十余万元的税费成本。

因此，对于公司而言，虚开发票的行为是极其危险的，不仅可能面临行政处罚和税款追缴，还可能因账务调整而遭受经济损失。为了避免这些风险，公司应当严格遵守税收法律法规，加强发票管理，确保所有发票的真实性和合法性。同时，公司也应定期进行自查自纠，及时发现并纠正潜在的税务风险。