针对您提出的“部分违法建筑物与其合法部分无法分离，如何没收”的问题，这是一个涉及行政执法和法律程序的重要议题。以下是我的详细分析和建议：

1. 法律原则与程序：

   • 在处理违法建筑物时，行政机关应遵循合法、公正、公开的原则，并确保程序正当。
   • 当违法建筑物与合法部分无法分离时，行政机关不能简单地一概而论进行没收，而应依据具体情况进行细致分析。

2. 没收的具体操作：

   • 评估与区分：首先，行政机关应对建筑物进行全面评估，明确区分违法部分与合法部分。这可能需要专业的建筑评估机构或相关专家参与。
   • 比例原则：在没收时，应遵循比例原则，即没收措施应与违法行为的性质、情节以及社会危害程度相适应。对于无法分离的合法部分，不应随意没收。
   • 替代措施：如果违法部分与合法部分紧密相连，无法单独没收，行政机关可以考虑采取其他替代措施，如罚款、责令限期改正等，以消除违法行为的影响。

3. 法律后果与救济途径：

   • 行政复议与诉讼：如果当事人对行政机关的没收决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
   • 赔偿与补偿：在没收过程中，如果因行政机关的违法行为给当事人造成损失，当事人有权要求赔偿或补偿。

4. 实际操作中的建议：

   • 加强沟通与协商：在处理此类问题时，行政机关应加强与当事人的沟通与协商，尽量达成双方都能接受的解决方案。
   • 完善法律法规：同时，也应考虑完善相关法律法规，明确在违法建筑物与合法部分无法分离时的处理原则和程序，以减少争议和纠纷。

综上所述，对于部分违法建筑物与其合法部分无法分离的情况，行政机关应依据具体情况进行细致分析，并遵循合法、公正、公开的原则进行处理。在没收过程中，应充分考虑比例原则和替代措施，以维护当事人的合法权益。如果您在处理此类问题时遇到任何法律问题或困惑，欢迎随时向我咨询。