将基本建设项目违法占地罚款列入项目成本，这一行为主要违反了以下规定：

1. 《中华人民共和国土地管理法》及相关法规：

   • 根据《土地管理法》及其实施条例，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地。未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
   • 将违法占地罚款列入项目成本，实际上是在为违法行为“买单”，这违背了土地管理法规中关于非法占地应受处罚的原则，也助长了非法占地行为的发生。

2. 《企业会计准则》及财务制度：

   • 从财务角度来看，项目成本应真实、准确地反映项目建设的直接和间接费用。违法占地罚款并不属于项目建设的正常费用，而是由于违法行为产生的额外支出。
   • 将此类罚款列入项目成本，违反了会计准则中关于成本真实性和合法性的要求，可能导致财务报表失真，误导投资者和监管机构。

3. 税务及审计规定：

   • 在税务方面，违法占地罚款通常不被视为可税前扣除的费用。将其列入项目成本并试图在税前扣除，可能构成偷税漏税行为，面临税务处罚。
   • 从审计角度来看，审计机构在审查项目成本时，会关注成本的合法性和合规性。将违法占地罚款列入项目成本，很可能在审计过程中被发现并受到质疑。

综上所述，将基本建设项目违法占地罚款列入项目成本，违反了土地管理法规、会计准则及财务制度、税务及审计规定等多方面的规定。这种行为不仅可能导致法律处罚，还可能对企业的财务状况和声誉造成负面影响。因此，企业在进行项目建设时，应严格遵守相关法律法规，确保项目成本的合法性和合规性。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。