注册个体工商户后，在符合法律法规和税务规定的前提下代开发票是合法的。不过，这里需要明确几个关键点，以确保操作的合法性：

首先，代开发票的主体：根据《国家税务总局关于加强和规范税务机关代开普通发票工作的通知》，代开发票的行为是由税务机关根据收款方（或提供劳务服务方）的申请，依照法规、规章以及其他规范性文件的规定，代为向付款方（或接受劳务服务方）开具发票的行为。这意味着，个体工商户本身并不直接“代开”发票，而是向税务机关申请，由税务机关代为开具。

其次，申请代开发票的条件：个体工商户在特定情况下可以向税务机关申请代开发票，如已领购发票但临时取得超出领购发票使用范围或超过领用发票开具限额以外的业务收入，或被税务机关依法收缴发票或停止发售发票后取得经营收入等。这些条件都明确规定了代开发票的合法性和必要性。

再者，代开发票的流程和要求：个体工商户在申请代开发票时，需要填写代开普通发票申请表，并提供相关证明材料，如合法身份证件、付款方对所购物品品名（或劳务服务项目）、单价、金额等出具的书面确认证明。税务机关会对申请资料进行核对，核对一致后方可予以代开。同时，代开发票应指定专人负责，使用计算机开具或手工填开，并加盖税务机关代开发票专用章。

最后，合法代开与虚开的区别：合法代开发票是基于真实的交易背景，按照税务规定进行的操作。而虚开发票则是指无实际交易或交易内容不实的情况下开具发票，这是违法的。如山东省淄博市警税联合查处的代开发票虚开案件，就是典型的违法行为，涉及控制多家个体工商户，在无实际交易的情况下虚开增值税专用发票。

综上所述，注册个体工商户后，在符合法律法规和税务规定的前提下，通过税务机关申请代开发票是合法的。但务必确保交易的真实性，并严格按照税务流程和要求进行操作，以避免任何违法行为。