分居多年后起诉过程中怀孕，应首先确保女方的身体状况和胎儿的安全，同时按照法律程序处理起诉事宜。以下是对此问题的详细分析：
一. 法律对怀孕期间离婚的限制
根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十二条，女方在怀孕期间，男方不得提出离婚。这是基于对女性的特殊保护，防止因离婚对孕妇造成过大的精神压力和身体伤害。然而，这一规定并不适用于女方主动提出离婚的情况。如果女方提出离婚，或者人民法院认为确有必要受理男方的离婚请求，则不受此限。
二. 起诉过程与怀孕的处理
如果夫妻双方都同意离婚，并且已经就子女抚养、财产分割等问题达成一致，那么可以选择协议离婚。双方需签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。这种方式相对快捷简便，能够避免长时间的诉讼过程。
如果男方不同意离婚，或者双方在子女抚养、财产分割等问题上存在分歧，那么女方可以选择诉讼离婚。在诉讼过程中，女方需要提供充分的证据来证明夫妻感情已经破裂，以及自己在子女抚养、财产分割等问题上的诉求是合理的。法院将会根据夫妻感情是否确已破裂为标准进行判决。
三. 怀孕期间的特殊考虑
在怀孕期间，女方需要更多的照顾和保护。因此，无论双方是否达成离婚共识，都应优先考虑女方的身体状况和胎儿的安全。如果女方提出离婚，男方应给予充分的理解和支持。
四. 孩子的法律地位与权益
分居期间女方怀孕所生的孩子，其法律地位与正常婚姻期间出生的孩子相同，享有抚养权、受教育权等各项权利。关于孩子的生父认定，一般可借助医学鉴定等科学方式来确定。若男方否认亲子关系，他需要承担相应的举证责任。若日后双方对孩子抚养等问题产生争议，可向法院提起诉讼，法院会综合多方面情况依法判决。
五. 我的建议
如有进一步需要，您可以继续咨询我。