针对您提出的“施工合同与投标文件不符”的问题，这是一个在建设工程领域中较为常见的合同纠纷。以下是我从多个角度为您进行的详细分析和解答：
当施工合同与投标文件在实质性条款上不一致时：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第二十二条的规定，如果当事人签订的建设工程施工合同与招标文件、投标文件、中标通知书载明的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性条款不一致，一方当事人请求将招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据的，人民法院应予支持。
- 这意味着，在实质性条款上，如果施工合同与投标文件存在冲突，通常应以投标文件（以及与之相关的招标文件和中标通知书）为准进行结算。
招投标活动合法有效性的前提：
- 参照招投标文件结算工程价款的前提是招投标活动必须合法有效。如果招投标活动本身存在违法行为（如“明招暗定”、“先定后招”、“串标”等），那么即使存在招投标文件，这些文件也可能因不具有合法性而不被采信。
- 在这种情况下，如果当事人之间就同一建设工程订立的合同均被认定无效，工程价款的结算应当适用相关司法解释的其他规定。
中标通知书发出后未签订书面合同的情况：
- 如果中标通知书已经发出，但招标人、中标人因在工程实施的细节方面没有达成一致或其他原因最终没有签订书面合同，而中标人已经实际进场施工且招标人亦接受的，那么招投标文件的内容对于当事人具有约束力，可以作为结算工程价款的依据。
- 如果当事人因为在工程实施细节方面没有达成一致或一方当事人悔标而不愿意签订建设工程施工合同，那么当事人尚未开始履行招投标文件确定的权利义务内容，对此则不存在结算工程价款的问题。
合同中约定了合同文件优先顺序的情况：
- 在一些示范文本中，如《标准施工招标文件》和《建设工程施工合同(示范文本)》，都规定了合同文件的优先顺序。在这些文本中，招投标文件（包括中标通知书、投标函及投标函附录）通常具有较高的优先级。
- 然而，如果合同协议书在实质性条款方面与招投标文件不一致，且这些条款违反了《招标投标法》的规定，那么这些条款应属无效，不能产生约束当事人的法律效力。在这种情况下，仍然应当以招投标文件作为结算工程价款的根据。
招投标文件能否作为当事人全部权利义务的依据：
- 招投标文件主要作为结算工程价款的依据，在合同的实质性条款（如工程范围、工程质量、工程价款、工期）不一致时。至于能否作为其他权利义务的根据（如主张违约、赔偿损失、确定纠纷管辖等），则需要结合当事人对于合同的约定以及合同文件解释的优先顺序来确定。
综上所述，当施工合同与投标文件不符时，应首先审查招投标活动的合法有效性以及合同与投标文件在实质性条款上的一致性。在存在冲突的情况下，通常应以投标文件为准进行结算。但具体处理还需根据案件的具体情况和相关法律法规进行综合判断。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请随时向我咨询。