关于违反公司章程的借款协议是否有效的问题，这需要从多个角度进行分析：
对公司内部的效力：
- 公司章程是公司组织与行为的基本准则，公司必须遵守并执行。如果借款协议违反了公司章程中关于借款权限、程序或额度的规定，那么从公司内部管理的角度来看，该借款协议可能被视为无效或至少存在瑕疵。因为公司章程代表了公司内部的“法律”，违反章程的行为可能被视为对公司内部秩序的破坏。
对外部第三方的效力：
- 对于公司外部的第三方（如借款人、债权人等），他们通常并不了解公司章程的具体内容。因此，从外部视角来看，只要借款协议符合法律法规的规定（如不违反法律的强制性规定、不损害公共利益等），并且双方意思表示真实、一致，那么该借款协议在外部法律关系上通常是有效的。外部第三方有权依据借款协议向公司主张权利，公司也应当按照协议履行义务。
法律后果与救济途径：
- 如果借款协议确实违反了公司章程，并且给公司或股东造成了损失，那么受损方（如公司或股东）有权依据公司章程或相关法律法规提起诉讼，要求确认借款协议无效或要求赔偿损失。
- 同时，公司内部也应当加强管理，完善借款审批流程，确保所有借款行为都符合公司章程的规定，以避免类似纠纷的发生。
特殊情况与例外：
- 需要注意的是，并非所有违反公司章程的借款协议都必然无效。在某些特殊情况下（如公司章程的某些规定本身就不合法或不合理、借款协议已经得到了公司股东会或董事会的批准等），借款协议可能仍然被视为有效。
- 此外，如果借款协议已经履行完毕，并且没有给公司或股东造成实际损失，那么从实际效果来看，确认该协议无效可能已经没有太大意义。
综上所述，违反公司章程的借款协议是否有效，需要从多个角度进行综合分析。在实际操作中，建议公司加强内部管理，确保所有借款行为都符合公司章程和法律法规的规定。如果遇到类似纠纷，建议及时咨询专业律师（如我魏子清律师，专注于公司事务、合同纠纷等领域），以便得到更准确、更全面的法律建议。