1. 核心结论：拆迁协议已签名且房子已拆的情况下，房屋一般不能被认定为违建。但这一结论并非绝对，需结合具体情况分析。

2. 法律背景与解释：

   • 拆迁协议的法律效力：拆迁协议是拆迁人与被拆迁人之间就拆迁事宜达成的书面协议，具有法律约束力。一旦双方签字盖章，协议即成立并生效，双方应按照协议约定履行各自义务。
   • 违建认定的程序与标准：违建的认定通常由相关行政主管部门（如城市规划部门、城管执法部门等）依据法律法规进行。认定违建需遵循法定程序，包括调查取证、听取当事人陈述申辩、作出认定决定等步骤。同时，违建的认定需符合法律法规规定的标准，如是否违反城市规划、是否未经批准擅自建设等。
   • 拆迁协议与违建认定的关系：在拆迁协议已签名且房子已拆的情况下，若房屋在拆迁前已被认定为违建，则拆迁协议可能因违反法律法规而无效或部分无效。但若房屋在拆迁前未被认定为违建，且拆迁协议已履行完毕（即房屋已拆），则一般不能再将该房屋认定为违建。因为此时房屋已不存在，违建认定的对象已灭失，且拆迁协议已对双方的权利义务进行了明确约定。

3. 特殊情况分析：

   • 拆迁协议存在瑕疵或无效情形：若拆迁协议存在重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等情形，导致协议无效或可撤销，则可能影响违建认定的结果。但在此情况下，需通过法律途径（如诉讼、仲裁等）解决协议效力问题，而非直接认定房屋为违建。
   • 拆迁后发现房屋为违建：若在拆迁后才发现房屋为违建（如因新法律法规出台、规划调整等原因导致），则一般不能再对已拆的房屋进行违建认定。因为此时房屋已不存在，且拆迁协议已履行完毕。但若违建行为对公共利益造成了严重损害，相关部门可能依法追究相关责任人的法律责任。

4. 法律建议：

   • 对于被拆迁人：在签订拆迁协议前，应仔细审查协议内容，确保协议合法有效且符合自身利益。若对协议内容有疑问或不满，应及时与拆迁人沟通协商或寻求法律帮助。在房屋被拆后，若发现存在违建认定问题或其他纠纷，应及时咨询专业律师并采取相应法律措施。
   • 对于拆迁人：在拆迁过程中应严格遵守法律法规和拆迁协议约定，确保拆迁行为合法合规。若发现被拆迁房屋存在违建问题或其他纠纷，应及时与被拆迁人沟通协商或依法处理。

5. 可能的法律后果：

   • 若房屋被错误认定为违建并导致拆迁协议无效或部分无效，则可能引发拆迁人与被拆迁人之间的纠纷和诉讼。在此情况下，双方需通过法律途径解决纠纷并承担相应的法律责任。
   • 若违建行为对公共利益造成了严重损害且相关部门依法追究了相关责任人的法律责任，则责任人可能面临罚款、没收违法所得、强制拆除等行政处罚甚至刑事责任。

综上所述，拆迁协议已签名且房子已拆的情况下，房屋一般不能被认定为违建。但这一结论需结合具体情况分析，并需注意拆迁协议的法律效力、违建认定的程序与标准以及特殊情况的处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。