1. 关于协议赔偿的合法性分析：

   • 首先，要明确的是，协议赔偿的合法性并不完全取决于是否有垫资的证据。协议赔偿的合法性主要基于双方是否自愿、平等地达成协议，并且协议内容是否违反法律法规的强制性规定。如果双方在协议中明确约定了赔偿事项，且该约定不违反法律，那么该协议赔偿就是合法的。
   • 然而，在您提到的情境中，由于您为合伙人垫资但没有证据，这可能会在后续的纠纷处理中带来一定的困难。如果合伙人否认垫资事实，而您又无法提供证据证明，那么在协商或诉讼过程中，您可能会处于不利地位。但这并不意味着协议赔偿本身不合法，只是执行起来可能会遇到障碍。

2. 关于证据缺失的影响及建议：

   • 证据缺失确实会对您的权益保护造成不利影响。在法律上，证据是认定事实、解决纠纷的重要依据。没有证据，就很难证明您为合伙人垫资的事实，也就难以在后续的纠纷中维护自己的权益。
   • 针对这种情况，我建议您：
     • 尝试与合伙人协商：首先，您可以尝试与合伙人进行友好协商，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案。在协商过程中，您可以尽量提供其他能够间接证明垫资事实的证据，如转账记录、聊天记录等。
     • 收集间接证据：如果协商无果，您可以开始收集其他间接证据来支持您的主张。这些证据可能包括但不限于：与垫资相关的银行转账记录、微信或短信聊天记录、证人证言等。虽然这些证据可能不如直接证据有力，但在一定程度上也能证明垫资事实的存在。
     • 考虑法律途径：如果协商和收集证据都无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。在提起诉讼或申请仲裁前，请务必咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的诉讼风险。

3. 关于后续行动的建议：

   • 在处理这类问题时，保持冷静和理性至关重要。不要因为一时的情绪而做出冲动的决定或行为。
   • 同时，也要做好长期斗争的准备。因为证据缺失的问题可能会让纠纷处理过程变得复杂和漫长。
   • 最后，我建议您在未来的商业合作中更加谨慎和规范。在涉及资金往来时，务必签订书面合同并保留好相关证据以备不时之需。

总之，协议赔偿的合法性并不完全取决于垫资证据的存在与否，但证据缺失确实会对您的权益保护造成不利影响。在处理这类问题时，请务必保持冷静和理性，并考虑咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。