关于合同作废后款项转付新公司的问题，结论如下：

1. 原则上款项应直接支付给新合同相对方：

   • 在您与原公司的合同作废后，若您与另一家公司签订了新的合同，那么根据合同相对性原则，款项应当直接支付给新合同的相对方，即新公司。这是因为新合同是您与新公司之间达成的独立协议，款项的支付应当遵循新合同的约定。

2. 特殊情况下原公司可代为转付，但需明确约定：

   • 虽然原则上款项应直接支付给新公司，但在某些特殊情况下，如原公司与新公司之间存在某种合作关系或协议，或者为了简化支付流程、提高效率等，原公司可能愿意代为转付款项给新公司。然而，这种转付行为并非基于法律义务，而是基于原公司与新公司之间的约定或协商。因此，若您希望款项由原公司转付给新公司，必须确保在新合同中明确约定这一条款，或者与原公司、新公司三方共同达成书面协议，明确款项的转付方式、时间、责任等事项。

3. 法律风险与注意事项：

   • 若未经明确约定而擅自由原公司转付款项给新公司，可能会引发一系列法律风险。例如，原公司可能因各种原因（如资金链断裂、与新公司存在纠纷等）而无法按时或足额转付款项，导致您遭受损失。此外，这种转付行为还可能涉及税务、财务等方面的合规问题，需要谨慎处理。
   • 因此，在决定是否由原公司转付款项给新公司时，您应当充分考虑法律风险与合规问题，并咨询专业律师的意见。同时，确保在新合同中或三方协议中明确约定相关条款，以保障您的合法权益。

综上所述，虽然原则上款项应直接支付给新合同的相对方（即新公司），但在特殊情况下且经明确约定后，原公司可代为转付款项。然而，这种转付行为涉及法律风险与合规问题，需要谨慎处理。若您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。