在交通事故中垫付了医药费后，关于保险公司如何处理这一问题，您可以按照以下步骤和注意事项来妥善处理，以确保自身权益：

一、及时报案并保留证据

1. 报案：事故发生后，应立即联系您所投保的保险公司，告知事故发生的时间、地点、经过以及您垫付医药费的情况。这是启动理赔流程的第一步。

2. 保留证据：

   • 票据类证据：严格保存所有垫付医药费的票据，包括医院的收费发票、费用清单等，这些是证明您实际支付金额的直接依据。
   • 沟通记录：保留与事故对方就垫付事宜的沟通记录，如微信、短信聊天记录或电话录音，以证明垫付行为是双方知晓且认可的。
   • 支付凭证：无论是现金、银行卡转账还是第三方支付平台（如微信支付、支付宝）支付的垫付款，都应留存相应的支付凭证。现金支付时，务必要求对方出具收条。
   • 医疗文件：拍摄或留存伤者的诊断证明、检查报告等相关医疗文件，以便更全面地了解伤情和治疗情况。

二、明确责任划分

交通事故发生后，交警部门会进行现场勘查并出具交通事故责任认定书，明确各方在事故中的责任比例。这一责任划分对于后续医药费的承担至关重要，也是保险公司理赔的重要依据。

三、与保险公司协商理赔

1. 整理并提交理赔材料：按照保险公司的要求，整理并提交包括交通事故责任认定书、垫付医药费的票据、病历、诊断证明等在内的理赔材料。

2. 等待审核与赔付：保险公司会对提交的材料进行审核，确定赔偿金额。审核通过后，保险公司会根据保险合同的约定进行赔付。若垫付费用在保险赔偿范围内，保险公司将支付相应款项至您指定的账户。

四、注意事项

1. 了解保险公司理赔流程和要求：不同保险公司的理赔流程和要求可能存在差异，建议您在报案后主动联系保险公司，了解具体的理赔流程和所需材料，以便更高效地完成理赔。

2. 保持冷静和理智：在与保险公司、事故对方协商或采取法律途径时，务必保持冷静和理智，避免情绪化行为影响问题的解决。

3. 考虑法律途径：若与对方协商无果，且对方拖延支付垫付的医药费，您可委托律师向对方发送催款函，明确告知其应承担的责任和还款期限。如催款函仍无效，可向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，提交充分证据证明自己垫付医药费的事实及事故责任划分情况，以维护自己的合法权益。

综上所述，处理交通事故垫付医药费的问题时，应确保留存好相关证据，明确责任划分，并及时与保险公司沟通协商理赔事宜。通过遵循上述步骤和注意事项，您可以更有效地维护自己的合法权益。