《刑事诉讼法》第九十六条主要是关于强制措施适用期限及变更的规定。具体解读如下：

一. 强制措施适用期限及变更

1. 法定期限内的处理：该条款规定，如果犯罪嫌疑人、被告人被羁押的案件，不能在法律规定的侦查羁押、审查起诉、一审、二审期限内办结，那么对犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放。这意味着，司法机关不能在法定期限外无限期地羁押犯罪嫌疑人或被告人，必须依法及时办案，保障当事人的合法权益。

• 例如，若一个案件在侦查羁押阶段就已经超过了法定的羁押期限，但案件尚未办结，此时司法机关就应当释放犯罪嫌疑人，或者变更强制措施为取保候审或监视居住。

1. 继续查证、审理的处理：如果案件需要继续查证、审理，对犯罪嫌疑人、被告人可以取保候审或者监视居住。这提供了一种较为宽松的强制措施，既保证了诉讼的顺利进行，又尽可能减少了对当事人人身自由的限制。

• 例如，某个复杂案件在一审期限内未能审结，但司法机关认为有必要继续审理，此时可以对被告人采取取保候审的措施，允许其在一定条件下回家居住，同时要求其配合司法机关的调查和审理工作。

结论：《刑事诉讼法》第九十六条的规定体现了对犯罪嫌疑人、被告人合法权益的保护，防止了超期羁押等侵犯人权的行为发生，同时也确保了诉讼的顺利进行。在实际应用中，司法机关应严格遵守这一规定，确保刑事诉讼程序的合法性与正当性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。