商家在合同中注明如果是泡水车只是退车退款，这样的合同是否有效，需分情况来看：

1. 若商家故意隐瞒车辆泡水信息，合同可撤销且自始无效：

   • 根据法律规定，如果商家在售卖泡水车时，故意隐瞒车辆被水泡过的关键信息，没有如实告知买方，这就构成欺诈。
   • 基于欺诈订立的合同，受欺诈方（即买方）有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。一旦合同被撤销，将自始无效，即视为合同从未成立过。

2. 若商家明确告知车辆是泡水车，且买方仍愿意购买，合同有效：

   • 如果商家在合同中明确告知买方车辆是泡水车，而买方在充分了解这一情况后仍愿意购买，那么这种情况下合同是有效的。
   • 因为双方是在真实意思表示下达成的交易，买方自愿承担车辆泡水可能带来的风险。此时，合同中的“如果是泡水车只是退车退款”条款，作为双方协商一致的结果，具有法律效力。

3. 合同中明确约定车辆不能是泡水车，而实际交付的是泡水车，商家构成违约：

   • 如果合同中明确约定了车辆不能是泡水车，而商家实际交付的却是泡水车，这属于商家违约。
   • 买方可以要求商家承担违约责任，如维修、更换、退款等。但此时合同一般不会直接认定为无效，而是商家需要承担相应的违约责任。

法律建议：

• 在签订车辆买卖合同时，买方应仔细阅读合同条款，特别是关于车辆状况、质量保证、违约责任等方面的内容。
• 如果发现合同中有不明确或模糊的地方，应及时与商家沟通并要求修改或补充。
• 在交易过程中，买方应保留好相关证据，如合同、付款凭证、车辆检测报告等，以备不时之需。

总结： 商家在合同中注明如果是泡水车只是退车退款，这样的合同是否有效，取决于商家是否如实告知车辆泡水信息以及买方的购买意愿。如果商家存在欺诈行为或买方在充分了解情况后仍愿意购买，合同将具有相应的法律效力。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。