机构刚上课退费收违约金是否合理，需根据具体情况判断：
合同中有明确约定的情况：
- 如果在您与机构签订的培训合同中，明确规定了退费需要扣除违约金，并且该违约金的数额在法律允许的范围内，那么机构收取违约金是合理的。这是因为，根据合同法的原则，合同双方应当遵守合同约定，一旦违约，就需要承担相应的违约责任。
合同中未明确约定或约定不合法的情况：
- 如果合同中没有明确规定退费需要扣除违约金，或者约定的违约金数额过高，超出了法律允许的范围，那么机构收取违约金就是不合法的。在这种情况下，您有权要求机构退还已收取的违约金，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
违约金数额的合理性判断：
- 即使合同中规定了违约金条款，也需要判断该违约金的数额是否合理。如果违约金过分高于实际损失，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。因此，在判断违约金是否合理时，需要综合考虑实际损失、合同履行情况、当事人的过错程度等因素。
法律建议：
- 在签订培训合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于退费和违约金的约定。如有不明确或不合理之处，应及时与机构沟通并协商修改。
- 如果机构在退费时收取了不合理的违约金，您可以先与机构协商解决。协商无果的，可以向当地消费者协会或相关监管部门投诉，甚至通过法律途径提起诉讼，维护自己的合法权益。
总结：
机构刚上课退费收违约金是否合理，主要取决于合同中的约定以及违约金的数额是否在法律允许的范围内。在签订合同时，务必谨慎审查合同条款，避免后续产生不必要的纠纷。如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。