当您的工资卡被同行信用卡划扣部分款项后，确实存在协商还款的可能性，但具体能否协商以及协商的方式和结果，需要依据实际情况来判断。以下是一些详细的建议和步骤：
一、查明划扣原因
确认欠款情况：
- 首先，您需要确认自己的信用卡是否存在欠款未还的情况。如果确实存在欠款，那么银行按照规定有权划扣您的工资卡资金用于偿债。
检查划扣记录：
- 查看工资卡的交易记录，确认划扣的金额、时间和划扣方是否为信用卡所属银行。
二、根据划扣原因采取相应措施
若因信用卡欠款被划扣：
- 尽快联系银行：一旦确认是因信用卡欠款被划扣，您应尽快与发卡银行联系，表明您的还款意愿。
- 协商还款计划：与银行协商制定一个合理的还款计划，例如申请分期还款。这样可以减轻您的还款压力，并避免继续逾期影响个人信用记录。
- 注意还款期限和金额：确保按照协商的还款计划按时还款，避免产生额外的利息和滞纳金。
若因误划扣被划扣：
- 立即与银行沟通：如果您认为此次划扣属于误划扣，即与您的信用卡欠款无关，您应立即与划扣方（信用卡所属银行）及您的工资卡开户银行沟通。
- 提供相关证据：向银行提供相关证据，如信用卡账单、还款记录等，证明划扣错误。
- 要求返还划扣款项：银行通常会进行核实，若情况属实，会将款项退回您的工资卡。
- 主张赔偿损失：若因划扣产生了利息等损失，您可以向银行主张赔偿。若与银行协商不成，可考虑通过法律途径解决，如向法院起诉，要求银行停止侵权行为、返还划扣财产，并对造成的损失进行赔偿。
三、注意事项
保持冷静和理性：在处理此类问题时，保持冷静和理性非常重要。不要与银行发生争执或采取过激行为，以免影响问题的解决。
及时记录和保存证据：在处理过程中，及时记录和保存与银行的沟通记录、划扣记录等相关证据，以备不时之需。
关注个人信用记录：无论划扣原因如何，都应关注自己的个人信用记录。确保按时还款，避免产生逾期记录影响个人信用。
综上所述，当您的工资卡被同行信用卡划扣部分款项后，您可以根据划扣原因采取相应的措施。若因信用卡欠款被划扣，应尽快与银行联系协商还款计划；若因误划扣被划扣，应立即与银行沟通并提供相关证据要求返还划扣款项。在处理过程中，保持冷静和理性，及时记录和保存证据，并关注个人信用记录。