结论：工商银行协商还款后，工资卡是否还会被扣款，取决于协商的具体内容以及是否涉及法律强制执行措施。以下从不同情况进行分析：
一、协商还款内容明确且未涉及法律强制执行
协商内容：如果您与工商银行就还款事宜达成了明确的协商，并且协商内容中明确规定了不再从您的工资卡中扣款，或者调整了扣款方式、金额等，那么在这种情况下，工商银行应当按照协商内容执行，不会再从您的工资卡中扣款。
法律依据：协商还款是基于双方自愿、平等的基础上进行的，一旦达成协议，双方都应当遵守。如果工商银行违反协商内容，继续从您的工资卡中扣款，您可以依据协商协议向工商银行提出异议，并要求其停止扣款行为。
二、协商还款内容未明确或涉及法律强制执行
协商内容不明确：如果您与工商银行的协商内容并未明确涉及工资卡扣款的问题，或者协商内容存在模糊之处，那么工商银行可能仍然有权根据之前的贷款合同或相关法律规定，从您的工资卡中扣款。
涉及法律强制执行：如果您的贷款已经逾期，并且工商银行已经通过法律途径（如起诉、申请强制执行等）来追讨欠款，那么在这种情况下，即使您与工商银行进行了协商还款，但如果协商结果并未得到法院的认可或执行，或者协商内容并未涉及停止扣款等条款，工商银行仍然有可能根据法院的强制执行裁定，从您的工资卡中扣款。
三、建议与措施
明确协商内容：在与工商银行协商还款时，建议您务必明确协商内容，特别是关于工资卡扣款的问题。如果可能的话，最好将协商内容以书面形式固定下来，以便在后续出现争议时能够有据可查。
了解法律程序：如果您担心工商银行可能会通过法律途径来追讨欠款，建议您提前了解相关的法律程序和规定。这样，在面临法律强制执行时，您能够更好地维护自己的合法权益。
及时沟通与协商：如果您发现工商银行在协商还款后仍然从您的工资卡中扣款，或者您对扣款行为有异议，建议您及时与工商银行进行沟通协商。如果协商无果，您可以考虑向相关监管部门投诉或寻求法律援助。
最后，如果您在劳动工伤（工资福利）领域有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。