对于超过质疑时限的质疑，采购人或采购代理机构可以不予受理，但建议向质疑人出具一份质疑处理意见书，书面说明不予受理的理由和原因。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《政府采购法》第五十二条，供应商认为采购文件、采购过程和中标、成交结果使自己的权益受到损害的，可以在知道或者应知其权益受到损害之日起七个工作日内，以书面形式向采购人提出质疑。
   • 《政府采购质疑和投诉办法》(财政部令第94号)第十三条规定，采购人、采购代理机构不得拒收质疑供应商在法定质疑期内发出的质疑函，但并未就超出法定质疑期的项目如何处理作出具体规定。

2. 实务操作：

   • 虽然法律法规未明确规定超出法定质疑期的质疑如何处理，但根据立法本意，可以理解为超过法定质疑期的质疑函，采购人或采购代理机构可以不予受理。
   • 为稳妥起见，在招标采购实践中，采购人或采购代理机构可以在接收到超出法定质疑期的质疑函后，向质疑人出具一份质疑处理意见书，书面说明不予受理的理由和原因。这样做既符合法律法规的精神，也有助于维护采购活动的公正性和透明度。

3. 法律后果：

   • 如果采购人或采购代理机构未按照规定处理超出法定质疑期的质疑，可能会引发供应商的不满和投诉，甚至可能影响采购活动的顺利进行。
   • 因此，采购人或采购代理机构在处理超出法定质疑期的质疑时，应谨慎行事，确保处理过程合法合规。

综上所述，对于超过质疑时限的质疑，采购人或采购代理机构可以不予受理，但建议通过书面形式向质疑人说明不予受理的理由和原因，以维护采购活动的公正性和透明度。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。