市政总承包一级承包企业不能承包超过其注册资金5倍以上的工程。这一限制是基于相关的建筑资质管理规定和合同法原则而设定的。具体来说：
资质管理规定：
- 根据建筑行业的资质管理规定，不同级别的建筑企业具有不同的承包能力范围。
- 对于市政总承包一级承包企业而言，其承包的工程规模受到限制，其中一项重要的限制就是单项建安合同额不得超过企业注册资本金的5倍。
合同法原则：
- 合同法鼓励公平交易和诚实信用原则。
- 如果允许企业承包远超其注册资本金的工程，可能会引发合同履行风险，损害交易双方的权益。
- 因此，通过设定注册资本金与承包工程规模的限制，可以在一定程度上保障交易的公平性和安全性。
在实际操作中，如果市政总承包一级承包企业遇到需要承包超过其注册资金5倍的工程，可以考虑以下几种解决方案：
- 联合承包：与其他具有相应资质的企业组成联合体，共同承包该工程。这样不仅可以分散风险，还可以利用各自的优势资源，提高项目成功率。
- 提高资质等级：通过加强企业管理、提升技术水平、增加注册资本金等方式，提高企业的资质等级，从而扩大承包工程的范围。
- 分段发包：与发包方协商，将大型工程分段发包，使每段工程的合同额不超过企业注册资本金的5倍。这样企业可以分别投标并承包各段工程。
综上所述，市政总承包一级承包企业在承包工程时，应严格遵守相关资质管理规定和合同法原则，确保承包的工程规模在其注册资本金允许的范围内。如果确实需要承包超过此范围的工程，可以通过联合承包、提高资质等级或分段发包等方式来解决问题。