工程结算单有项目部章是否对单位有约束力，这并非一概而论，而是需要根据具体情况进行细致分析。以下是对此问题的全面梳理和准确判断：
通常情况下有效：
- 项目部章是施工单位为特定工程建设而设立的临时性管理机构的专用印章，通常用于与该项目有关的文件往来、工程资料确认等事务。
- 如果在工程建设过程中，双方长期以来一直通过加盖项目部章的方式进行各类文件的确认，并形成了交易习惯，那么在工程结算时加盖项目部章，一般会被认定为有效。
- 例如，若建设单位和施工单位在整个施工期间的所有涉及工程事务的文件都是加盖项目部章来确认，且双方也按照这些文件履行了各自的义务，则在工程结算时，施工单位在结算文件上加盖项目部章，该结算文件通常具有法律效力。
存在效力瑕疵的情况：
- 如果双方签订的建设工程合同中明确约定了工程结算必须加盖公司公章或合同专用章才有效，那么仅加盖项目部章的结算文件可能会被认定为无效。
- 如果相对方知道或者应当知道项目部章不能代表施工单位进行工程结算，却仍然接受加盖项目部章的结算文件，可能会影响结算文件的效力。
- 如果加盖项目部章的人员没有得到施工单位的授权，或者超越了授权范围进行工程结算，且相对方对此应当知晓，那么该结算行为可能被认定为无效。
- 如果项目部并未获得公司的明确授权，只是公司内部的一个管理机构，并没有对外效力，那么盖有项目部章的结算单可能无效。
纠纷解决方式：
- 如果在工程结算中因加盖项目部章的结算文件效力问题产生纠纷，当事人可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
- 在处理纠纷时，法院会综合考虑各种因素，如交易习惯、双方当事人的行为、项目部章的使用情况等，来认定结算文件的效力。
综上所述，工程结算时加盖项目部章的效力需根据具体情况判断。为确保结算文件的合法有效，建议双方在合同签订时明确约定结算印章的要求，并在实际履行过程中严格遵守相关规定。同时，在实际操作中，为避免潜在的法律风险，最好加盖施工单位的法人公章或合同专用章进行结算。如有任何疑问或不确定之处，应及时向我咨询以避免潜在的法律风险。