离职证明盖公司人事科的章是有效的。在一般情况下，公司的人事部门负责处理员工的入职、离职等人事相关事务，包括出具离职证明。因此，离职证明上加盖公司人事科的章，通常可以被认为是公司正式出具的证明文件。

不过，离职证明的有效性也可能受到公司内部规定、法律法规等因素的影响。例如，有些公司可能规定离职证明必须加盖公司公章才有效，或者法律法规对离职证明的出具和盖章有特定要求。因此，在具体情况下，还需要结合公司规定和法律法规来判断离职证明的有效性。

另外，从实际操作的角度来看，离职证明上加盖的章应该是清晰、可辨认的，并且与公司的正式印章相符。如果离职证明上的章模糊不清、无法辨认，或者与公司正式印章不符，那么这份离职证明的有效性可能会受到质疑。

总的来说，离职证明盖公司人事科的章通常是有效的，但具体还需要结合公司规定、法律法规以及实际情况来判断。如果您对离职证明的有效性有疑虑，建议咨询相关法律专业人士或公司人事部门以获取更准确的解答。