在应急车道排除故障是否合法，主要取决于你是否遵循了相关的法律规定和安全准则。

首先，应急车道主要是为执行紧急事务的车辆，如工程救险、消防救援、医疗救护、军人、警察等设置的，供它们在紧急情况下使用。因此，任何社会车辆在非紧急情况下都不得随意驶入或停留在应急车道内。这是我国《道路交通安全法实施条例》的明确规定，违反者将面临警告或20元以上200元以下的罚款，并且驾驶证将被一次记6分。

然而，如果车辆在高速公路上确实发生了故障或事故，无法继续正常行驶，那么根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例的规定，你可以将车辆移至应急车道，并立即开启危险报警闪光灯，同时在车后来车方向150米外设置警告标志。车上人员应当迅速转移到右侧路肩或者高速公路护栏外，以确保安全，并迅速报警等待救援。

在这种情况下，占用应急车道进行故障排除是合法的，但你也需要尽快完成故障的排除或者等待救援的到来，以避免长时间占用应急车道，影响其他紧急车辆的通行。如果自己无法排除故障，应及时拨打救援电话，并尽量将车辆移至不妨碍交通的地方。

总的来说，虽然应急车道在特定情况下可以用于排除故障，但你也需要严格遵守相关的法律规定和安全准则，确保自己和他人的安全。同时，也建议你在上高速公路前提前检查车况，预防车辆故障的发生。