当企业破产且存在挂靠关系时，债权的保护问题确实比较复杂，需要根据具体情况来细致分析。以下是一些建议来帮助您理解和处理这类问题：

首先，要明确债务承担需视情况而定。挂靠关系中实际经营的公司破产时，不能简单地一概而论债务应由谁承担，而是要根据具体的情形和事实来确定。

其次，如果挂靠双方在事先就债务承担有明确的书面约定，那么应当严格按照这个约定来执行债务的承担。这意味着，如果双方在挂靠协议中明确规定了债务承担的方式和责任主体，那么在破产情况下，就应当按照协议来履行。

此外，适用“揭开公司面纱”理论也是一个重要的原则。如果存在人格混同、过度支配与控制等状况，公司的独立人格可能会被否定，挂靠方需要对公司债务承担连带责任。例如，如果财务账目混乱，无法分清公司财产和挂靠方财产，或者表面以公司名义开展活动，但实际决策操控都由挂靠方进行，那么挂靠方就需要对债务承担相应责任。

同时，如果挂靠方利用公司名义进行欺诈等违法活动从而产生了债务，那么挂靠方也必须承担相应责任。这种情况下，不仅有违约责任，还可能涉及侵权责任等法律问题。

最后，为了确定债务承担主体并维护自身合法权益，建议尽快梳理相关证据。这些证据可能包括挂靠协议、财务往来记录、经营决策文件等。通过仔细整理这些证据，可以更加清晰地了解挂靠关系的实际情况和债务产生的具体原因，从而为后续的维权行动提供有力支持。

综上所述，处理企业破产挂靠企业债权保护问题需要综合考虑多种因素，并根据具体情况来制定合适的解决方案。如果您面临这样的问题，建议寻求专业法律人士的帮助，以便更好地维护您的合法权益。