在被挂靠人破产时，挂靠人可通过以下方式保护其工程款债权，具体需结合实际情况选择适用路径：

1. 及时申报债权并主张优先受偿权
   根据《企业破产法》第48条，挂靠人应作为债权人向破产管理人申报债权，并提交挂靠协议、工程款结算单、施工合同等证据，证明其与被挂靠人之间存在债权债务关系。若工程款涉及实际施工的工程，可依据《民法典》第807条及《建设工程司法解释（一）》第36条，主张建设工程价款优先受偿权（优先于抵押权和其他债权），但需注意该权利行使期限为自发包人应当给付建设工程价款之日起18个月内。若被挂靠人仅为中间转包方，挂靠人需直接向发包人主张权利，此时优先受偿权可能受限，但仍可申报普通债权参与分配。

2. 通过合同相对性突破向发包人直接追偿
   若挂靠协议明确约定“被挂靠人仅收取管理费，工程款由发包人直接支付给挂靠人”，或发包人明知挂靠关系仍同意由挂靠人实际施工，根据《建设工程司法解释（一）》第43条，挂靠人可突破合同相对性，直接以实际施工人身份起诉发包人，要求在欠付工程款范围内承担责任。此时需重点收集发包人知情证据（如会议纪要、付款记录等），以证明其存在过错。若被挂靠人已进入破产程序，挂靠人可同时申报债权并起诉发包人，双重保障权益。

3. 行使取回权或主张别除权（特殊情形）
   若工程款债权已特定化为某笔资金（如发包人已支付至被挂靠人账户但未转移），挂靠人可依据《企业破产法》第38条主张取回权，要求返还该笔资金（需证明资金与破产财产可区分）。若被挂靠人以工程款债权设定抵押或质押，挂靠人可依据《民法典》第447条主张别除权，就该债权优先受偿，但需提前办理抵押/质押登记或交付权利凭证。

4. 追究被挂靠人违约或侵权责任
   若被挂靠人存在截留工程款、未及时转付等违约行为，挂靠人可依据挂靠协议主张违约责任，要求赔偿损失。若被挂靠人与发包人恶意串通损害挂靠人利益（如低价结算、虚构债务），挂靠人可依据《民法典》第154条主张合同无效，并要求返还工程款。需注意，此类主张需以被挂靠人存在过错为前提，且需在破产程序中申报债权后，通过债权人会议或破产诉讼程序推进。

实务建议：

• 立即收集挂靠协议、施工记录、结算单、付款凭证等证据，形成完整证据链；
  
• 同步向破产管理人申报债权并主张优先受偿权，同时起诉发包人（若符合条件）；
  
• 关注被挂靠人财产状况，若发现转移资产或低价处置行为，及时申请破产撤销权；
  
• 优先通过协商或调解解决，降低时间成本，若协商无果则尽快启动法律程序。
  

如有进一步证据或具体案情，可向我详细说明，我将结合细节提供更精准的方案。