关于您提出的“客运包车协议书与实际运输不符”的问题，这确实是一个在交通运输领域中常见的合规问题。以下是我根据您的问询，结合相关法律法规进行的详细解答：

核心结论：客运包车必须严格按照协议书约定的时间、目的地和线路运行，若实际运输与协议书不符，则可能构成违规，并可能面临相应的法律处罚。

法律解释：

根据《道路旅客运输及客运站管理规定》（交通运输部令2023年第18号）第五十七条的规定：“客运包车应当凭车籍所在地交通运输主管部门配发的包车客运标志牌，按照约定的时间、目的地和线路运行，并持有效包车合同，不得招揽包车合同外的旅客乘车。”这一规定明确指出了客运包车在运行过程中必须遵守的约定，即按照包车合同（协议书）中明确的时间、目的地和线路进行运输。

实际案例分析：

以您提供的案例为例，若包车在完成客运任务后，空车返回时未按照原包车合同（协议书）中约定的线路行驶，而是选择了其他路线，那么这就构成了实际运输与协议书不符的情况。在此情况下，运管部门有权依据上述法规对违规车辆进行处罚。

法律建议：

1. 严格遵守合同约定：客运包车经营者在承接业务时，应与客户明确约定运输的时间、目的地和线路，并确保在实际运输过程中严格遵守这些约定。
2. 加强内部管理：运输企业应加强对驾驶员的培训和管理，确保他们了解并遵守相关法律法规和合同约定。
3. 及时咨询专业意见：在面临类似问题时，建议及时咨询专业律师或交通运输管理部门的意见，以避免不必要的法律风险和损失。

综上所述，客运包车协议书与实际运输不符是违规的，并可能面临法律处罚。因此，建议客运包车经营者务必严格遵守合同约定，加强内部管理，并在必要时寻求专业法律意见。若您还有其他相关问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。