当运输合同中未明确约定运费时，处理这一问题应遵循以下步骤：

1. 协商补充协议：

   • 双方应首先尝试通过协商达成补充协议，以确定运费的具体数额或支付方式。这是解决运费未约定问题的最直接和有效的方式。

2. 参照合同其他条款或交易习惯：

   • 若协商无果，根据《民法典》的规定，可以参照合同的其他相关条款或根据交易习惯来确定运费。这意味着，如果合同中的其他部分或行业内的通常做法能够为运费的确定提供指引，则应遵循这些指引。

3. 确定履行地点：

   • 履行地点的确定对于明确运费承担方至关重要。一般而言，履行地点决定了履行方式，进而决定了运费的承担方。
     • 若履行地点在卖方所在地，则运费可能由买方承担，因为买方需要上门取货。
     • 若履行地点在买方所在地，则运费可能由卖方承担，因为卖方需负责送货上门。

4. 适用法律规定：

   • 若上述方法均无法确定运费支付方式，则应遵循《民法典》的规定。根据该条款，若价款或报酬不明确，应按订立合同时履行地的市场价格履行。这同样适用于运费的确定。

5. 法律途径解决：

   • 如果双方仍然无法就运费问题达成一致，可能需要通过诉讼等法律途径解决。法院会综合考虑合同的性质、目的、履行情况以及市场行情等因素，合理确定运费的计算方式和承担方。

综上所述，运输合同未约定运费时，双方应首先尝试协商补充协议；协商无果后，可参照合同其他条款或交易习惯确定；若仍无法确定，则应根据履行地点和法律规定来明确运费承担方；最终，如无法通过上述方式解决，可通过法律途径寻求救济。