当公司股东不配合变更法定代表人时，您可以按照以下步骤进行处理：

1. 查看公司章程：

   • 首先，应查看公司章程中关于法定代表人变更的具体规定及流程，并按照章程要求进行操作。

2. 依法召开股东会并作出决议：

   • 若章程无特殊规定，根据相关法律，法定代表人变更属于公司内部治理事项，通常需要由股东会作出决议。
   • 决议应由代表三分之二以上表决权的股东通过方为有效。

3. 向市场监管部门申请变更登记：

   • 若股东会已依法作出变更决议，但部分股东不配合，公司可持相关决议、申请书等材料向市场监督管理部门申请变更登记。

4. 通过诉讼途径解决：

   • 若有股东故意阻碍，导致无法形成有效股东会决议，公司可通过诉讼途径解决。
   • 可请求法院判令股东配合完成法定代表人变更手续，并凭借生效裁判文书申请变更登记。

综上所述，当公司股东不配合变更法定代表人时，您应先查看公司章程并按章操作，若无法形成有效决议，则可通过诉讼途径来维护公司的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。