这种做法不合法。下面我从几个方面来详细解释：

1. 劳动关系与个体户身份的矛盾：

   • 快递公司让员工办理个体户，实际上是在规避自身的劳动法律责任。员工为快递公司提供劳动，理应与公司建立劳动关系，享受劳动法规定的各项权益，如社保、公积金、带薪休假等。
   • 让员工办理个体户，意味着公司试图将员工转变为“合作伙伴”或“承包商”，从而逃避上述责任。这种做法违反了劳动法的相关规定，损害了员工的合法权益。

2. 工资发放与开票的问题：

   • 工资是员工提供劳动后应得的报酬，是劳动关系的直接体现。公司应当通过正规渠道，如银行转账等方式，向员工发放工资，并依法代扣代缴个人所得税。
   • 要求员工开具发票给公司，实际上是将员工视为“供应商”或“服务商”，这与员工实际提供的劳动服务性质不符。而且，个体户开票通常涉及的是商品销售或提供劳务的增值税发票，与员工工资无关。

3. 法律后果：

   • 快递公司的这种做法如果被发现，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、补缴社保费用、支付经济补偿金等。
   • 同时，员工也有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求确认劳动关系、补发工资、支付加班费、补缴社保等。

综上所述，快递公司让员工办理个体户发工资并开发票给公司的做法是不合法的。这种做法既违反了劳动法的相关规定，又损害了员工的合法权益。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，建议及时向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。