伪造协议办理房产证的行为由公安机关负责侦查，人民检察院负责检察、批准逮捕和提起公诉，人民法院负责审判。以下是对此问题的详细分析：
一. 伪造协议办理房产证的行为性质
伪造协议办理房产证，实质上是一种伪造国家机关证件的行为。根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条第一款的规定，伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，构成犯罪，将受到法律的制裁。
二. 相关部门的职责
公安机关：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第三条，公安机关负责对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕等。
- 对于伪造协议办理房产证的行为，公安机关有责任进行侦查，并依法采取相应的强制措施。
人民检察院：
- 负责检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉。
- 在伪造协议办理房产证案件中，人民检察院将对公安机关移送的案件进行审查，决定是否提起公诉。
人民法院：
- 负责审判工作。
- 对于伪造协议办理房产证的犯罪行为，人民法院将依法进行审理，并作出判决。
三. 其他相关部门的职责
- 房地产管理部门：作为负责不动产权证颁发和管理的行政机关，房地产管理部门有权对伪造协议办理房产证的行为进行调查核实，并依法作出处理。然而，其职责主要侧重于行政管理和监督，对于涉嫌犯罪的行为，仍需移交公安机关处理。
四. 处理流程
- 发现与举报：一旦发现有人伪造协议办理房产证，可以向当地的公安机关举报，并提供相关证据材料。
- 侦查与起诉：公安机关接到举报后，将依法进行侦查，收集证据。侦查终结后，将案件移送人民检察院审查起诉。
- 审判与执行：人民检察院提起公诉后，人民法院将依法进行审理，并作出判决。判决生效后，由相关机关执行刑罚。
五. 我的建议
如果您发现有人伪造协议办理房产证，建议立即向当地公安机关举报，并提供相关证据材料。同时，您也可以向房地产管理部门反映情况，以便其加强监管和防范类似行为的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。