商品房预售合同纠纷与商品房销售合同纠纷案由的主要区别在于合同标的物的不同。具体来说：
商品房预售合同纠纷：
- 涉及的是正在建设中的房屋。
- 此类纠纷主要围绕房地产开发企业将尚未建成的房屋预先出售给承购人，承购人支付定金或房价款并签订的合同而产生。
- 常见情形包括逾期交房、房屋质量、面积差异及合同解除等，这些纠纷都基于预售合同这一特定形式的合同关系。
商品房销售合同纠纷：
- 涉及的是已竣工的房屋。
- 此类纠纷则发生在房地产开发企业与购房者之间，就已建成的房屋进行买卖而签订的合同。
- 纠纷内容同样可能涉及合同条款的解释、履行问题以及违约责任的承担等，但关键在于房屋已是竣工状态。
综上所述，两者之间的核心区别在于合同标的物是正在建设的房屋还是已竣工的房屋。在处理这两类纠纷时，需要仔细审查合同的具体内容以及房屋的实际状态，以确保准确判断纠纷的性质并依法进行妥善处理。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。