忘记打卡三天但在上班，并不算自动离职。这个问题涉及到公司规章制度、劳动合同约定以及法律法规的综合考量。以下是对此问题的详细分析：
公司规章制度的规定：
- 如果公司的规章制度中明确规定“连续三天未打卡视为自动离职”，且该规定已经过民主程序制定，内容合法，并向员工进行了公示或告知，那么员工忘记打卡导致旷工三天，公司有权依据此规定处理。但即便如此，也需要考虑员工是否实际出勤以及其他实际情况。
劳动合同中的约定：
- 劳动合同是双方约定的法律文件，具有法律效力。如果劳动合同中明确规定了忘记打卡导致旷工三天算自动离职，员工需遵守这一约定。但劳动合同中的约定也需符合法律法规，不能侵犯员工的合法权益。
法律对旷工的处理：
- 我国法律并未明确规定“连续三天未打卡视为自动离职”。根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。因此，如果公司的规章制度中将连续三天旷工视为严重违纪行为，且该规定合法有效，用人单位在履行了必要的程序后有权单方面解除劳动合同。但在此之前，需要确保员工确实未出勤，且公司提供了充分的证据。
实际情况的考虑：
- 打卡只是记录员工上下班时间的一种方式，并非判断员工是否到岗工作的唯一标准。员工可以提供其他证据证明其在这三天内确实在岗工作，如工作记录、同事证言等。
- 公司也需要提供充分的证据证明员工确实未出勤，如考勤记录、监控视频等。若公司证据不足或存在瑕疵，则不能以旷工三天为由按自动离职处理员工。
综上所述，忘记打卡导致旷工三天是否算自动离职，需要综合考虑公司的规章制度、劳动合同的具体约定以及实际情况。如果员工确实在岗工作，或者公司的规章制度存在瑕疵，或者公司未能提供充分的证据，那么员工都不应被认定为自动离职。如果员工认为公司将自己按自动离职处理不合理，可以与公司进行协商解决，或者向劳动监察部门投诉，甚至申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。