当职务侵占犯罪嫌疑人对涉案金额有异议时，可以通过以下步骤来处理这一问题，以确保处理的公正性和准确性：

一、重新梳理与审查证据

首先，应全面、细致地重新梳理和审查所有与金额认定相关的证据。这包括但不限于各类书证（如合同、发票、账单等）、物证（如涉案物品、工具等）以及证人证言。在审查过程中，要特别注意证据的真实性、关联性和合法性，确保每一项证据都能准确反映案件事实。

对于财务账目、交易记录等关键证据，要特别仔细地进行核对，确保数据的准确性和完整性。如果发现任何数据不一致或存在疑问的地方，应及时进行进一步调查核实。

二、委托专业审计

如果重新梳理和审查证据后，仍然无法确定涉案金额，或者双方对金额存在较大争议，可以考虑委托专业的审计机构进行审计。审计机构具有专业知识和技术手段，能够对涉案财务状况进行详细清查与核算，从而得出更精准的金额结论。

在选择审计机构时，应确保其具有相应的资质和信誉，以确保审计结果的公正性和准确性。同时，双方应共同认可审计机构的选定，并积极配合其开展审计工作。

三、沟通协商

在审计结果出来之前或之后，双方当事人可以就争议金额进行充分的沟通协商。各自阐述自己的观点和依据，尝试通过协商达成一致意见。在协商过程中，应保持冷静和理性，尊重对方的意见和权益，寻求双方都能接受的解决方案。

四、寻求第三方调解

如果双方协商无果，可以考虑寻求第三方调解。第三方调解机构或人员通常具有中立性和专业性，能够促使双方在自愿、合法的基础上解决争议。在选择调解机构或人员时，应确保其具有相应的经验和信誉，以确保调解结果的公正性和有效性。

五、法律途径解决

如果经过上述步骤仍然无法解决争议，最后可以通过法律途径来解决。具体可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，由法院依据法律规定和证据进行审理与裁判，最终确定职务侵占的金额。在诉讼过程中，双方应积极配合法院的调查和审理工作，提供充分的证据支持自己的主张。

综上所述，处理职务侵占犯罪嫌疑人对金额有异议的问题时，应遵循公正、准确、合法的原则，通过重新梳理证据、委托专业审计、沟通协商、寻求第三方调解以及法律途径解决等步骤来妥善处理争议。