个体工商户给公司开发票是否合法，主要取决于交易的真实性和合规性。以下是对这一问题的详细解答：
一、合法性分析
交易真实性：
- 个体工商户与公司之间的交易必须真实存在，即提供的服务或商品必须实际发生。
- 如果交易是虚假的或没有实际履行，那么开发票就是不合法的，可能构成虚开发票的行为。
业务关系：
- 员工与公司之间是劳动关系，员工取得的收入应并入工资薪金所得征收个人所得税。
- 如果员工想以个体工商户的身份给公司提供服务并开发票，需要解除与公司的劳动关系，转变为业务合作关系。
合规性要求：
- 个体工商户必须依法注册登记，具备合法的经营资质。
- 开发的发票必须符合国家税收法规的要求，包括发票的开具、内容、格式等方面。
二、实际操作中的注意事项
证据链完整性：
- 为确保交易的真实性，个体工商户应保存完整的证据链，包括合同、付款记录、发票以及其他业务证据。
- 这些证据在税务机关进行事后监控时，可以作为证明交易真实性的重要依据。
价格合理性：
- 个体工商户与公司之间的交易价格应合理，不能存在强行转移利润或逃避税收的行为。
- 税务机关会关注交易价格的合理性，以防止税收流失。
税务申报与缴纳：
- 个体工商户应按照国家税收法规的要求进行税务申报和缴纳。
- 如果个体工商户享受税收优惠或核定征收等政策，应确保符合相关政策的要求，并按时进行申报和缴纳。
三、结论
综上所述，个体工商户给公司开发票在合法的前提下是可以进行的，但必须满足交易真实性、业务关系合规性以及合规性要求等条件。同时，在实际操作中，个体工商户还应注意保存完整的证据链、确保交易价格的合理性以及按时进行税务申报和缴纳。如果违反这些要求，可能会面临税务风险和法律后果。因此，建议个体工商户在开发票前咨询专业税务人员或律师，确保交易的合法性和合规性。