关于车辆损失重新鉴定推翻了第一次鉴定结论后，重新鉴定费用的负担问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
结论前置
重新鉴定费用的负担通常取决于重新鉴定的原因、结果以及双方当事人的约定或法律规定。若因鉴定机构的原因导致重新鉴定，费用一般由鉴定机构承担；若因一方当事人对鉴定结论有异议而申请重新鉴定，且重新鉴定结论与原鉴定结论不一致，费用一般由申请方承担，但双方另有约定的除外。
具体分析
鉴定机构原因导致的重新鉴定：
- 如果第一次鉴定结论因鉴定机构的技术问题、操作失误或违反鉴定程序等原因被推翻，那么重新鉴定的费用应当由鉴定机构承担。这是因为鉴定机构作为专业机构，应当保证其鉴定结论的准确性和公正性。
一方当事人异议导致的重新鉴定：
- 如果一方当事人对第一次鉴定结论有异议，并申请重新鉴定，且重新鉴定结论与原鉴定结论不一致，那么重新鉴定的费用一般由申请方承担。这是因为申请方是基于对原鉴定结论的不信任而提出重新鉴定的，应当承担相应的费用风险。
- 但是，如果双方当事人在合同中明确约定了重新鉴定费用的承担方式，或者法律另有规定，那么应当按照约定或法律规定执行。
双方另有约定的情况：
- 如果双方当事人在事故发生前或鉴定过程中，就重新鉴定费用的承担达成了书面协议，那么应当按照协议执行。协议内容可以包括费用承担的比例、方式等具体细节。
法律另有规定的情况：
- 在某些特殊情况下，法律可能会对重新鉴定费用的承担作出特别规定。例如，在交通事故处理中，如果交警部门认为需要重新鉴定以明确事故责任，那么重新鉴定的费用可能会由交警部门或相关政府部门承担。
建议
- 在涉及车辆损失鉴定的问题时，双方当事人应当尽量协商一致，选择信誉良好、技术过硬的鉴定机构进行鉴定。
- 如果对鉴定结论有异议，应当及时提出并申请重新鉴定，以避免因时间过长而导致证据灭失或难以收集。
- 在签订相关合同时，可以就重新鉴定费用的承担方式进行明确约定，以减少后续纠纷的发生。
总之，重新鉴定费用的负担需要根据具体情况进行分析和判断。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。