关于在集体土地使用权上所建设的厂房法院如何进行强制执行的问题，这是一个涉及法律、政策和实际操作流程的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：
一、法律与政策背景
集体土地的性质：
- 集体土地所有权和使用权原则上是禁止交易的，但根据相关法律法规，如《担保法》等，农村“四荒”土地的使用权和乡镇企业厂房等建筑物所占用范围内的土地使用权可以设定抵押。
强制执行的法律依据：
- 《最高人民法院关于人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》（法发[2004]5号文件）对涉及房地产案件的民事强制执行程序及协助执行程序进行了规范。
- 《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》明确指出，人民法院可以查封、扣押、冻结被执行人占有的动产、登记在被执行人名下的不动产、特定动产及其他财产权，这包括集体土地上的厂房。
二、强制执行程序
确定执行标的：
- 法院首先需要确定被执行的厂房是否属于被执行人所有，并查明厂房的具体位置、面积、权属等情况。
征询意见与协商：
- 法院应与当地国土资源管理部门进行协商，取得一致意见后方可执行。同时，也需要征询村级集体经济组织的意见，并征得其对处分房地产的同意。
执行过程中的注意事项：
- 权利受让人是所买受房产所在地集体经济组织成员的，过户时可不变更土地性质，仍为集体所有的土地。
- 若权利受让人不是所买受房产所在地集体经济组织成员，则所买受的房产所占集体土地需变更为国有土地，并办理相关变更手续。
- 对于尚未办理土地使用权、房产登记手续的厂房部分，需按一般程序操作，并补办相关手续。
裁定与执行：
- 法院将作出执行裁定，明确权利受让人的权益，并要求其在规定时间内到土地管理部门、房产管理部门申请办理变更土地、房屋登记手续。
- 对不申请办理变更登记或逾期办理申请的，由土地管理、房产管理部门依法处理。
三、特殊情况处理
- 如果厂房是被执行人的唯一居所，或者执行行为可能对集体成员的权益造成损害，法院在执行时需要特别谨慎，并综合考虑多重因素。
- 对于涉及集体土地征地补偿款项的分配问题，需遵循民主议定原则、平等原则以及权利、义务相协调原则。
综上所述，对集体土地使用权上所建设的厂房进行强制执行是一个复杂而敏感的过程，需要法院、国土资源管理部门、村级集体经济组织以及权利受让人等多方共同参与和协作。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保执行过程的合法性和公正性。