当查处建设工程分包案件时，如果当事人不配合，可以按照以下步骤进行处理：

首先，应详细查阅相关合同文件，特别是分包合同。这些合同中通常会明确双方的权利、义务以及违约责任。如果当事人的不配合行为确实违反了合同中的相关条款，那么可以依据合同要求其承担相应的违约责任，如支付违约金等。

其次，建议以书面函件的形式正式通知当事人。在函件中，应明确指出其不配合的具体行为、违反的合同条款，并给出改正的具体期限。同时，务必保留好这份函件以及送达的凭证，这些资料在后续可能采取的任何法律行动中都将发挥重要作用。

如果当事人在接到书面函件后仍未改正其行为，可以考虑采取进一步的经济措施，如暂停支付相应的工程款。但请注意，这一步骤必须严格按照合同约定的程序来操作，以确保行为的合法性和合理性。

若上述措施均未能奏效，那么应考虑通过法律途径来解决问题。可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，或者根据合同中的约定申请仲裁。在法律程序中，可以要求当事人继续履行合同，并赔偿因其不配合行为所造成的所有损失。

此外，如果分包单位未配合施工总承包单位对其劳动用工进行监督管理，并且经过责令改正后仍未改正，那么根据相关法规，可能会面临罚款等行政处罚。具体的罚款金额和处罚措施会根据当地的法规和具体情况而定。

总的来说，处理此类案件需要耐心、细致，并严格按照法律和合同的规定进行操作。同时，也应保持与当事人的沟通，尽量通过协商解决问题，避免不必要的法律纠纷。如果确实需要采取法律手段，也应确保所有行为的合法性和合规性。