员工驾驶公司车辆肇事后，保险公司的赔偿算谁的赔款，这个问题需要根据具体情况来分析。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们要明确一个基本原则：员工驾驶公司车辆肇事时，赔偿责任的认定需分情况来看。
员工在执行工作任务时肇事：
- 根据相关法律规定，若员工是在执行工作任务过程中发生肇事，一般由用人单位（即公司）承担侵权责任。这是因为员工此时是在为公司利益履行职务，其行为后果应由公司负责。
- 如果车辆投有保险，那么保险公司会首先在交强险和商业险的责任限额范围内进行赔偿。超出保险限额的部分，再由公司根据前述规则承担赔偿责任。
- 需要注意的是，如果员工在驾驶过程中存在故意或者重大过失（如酒驾、严重超速等），公司在承担赔偿责任后，有权向该员工进行追偿。
员工非执行工作任务时肇事：
- 若员工并非在执行工作任务时驾驶公司车辆肇事，此时公司一般无需承担赔偿责任，赔偿责任通常由员工自己承担。员工需要依据事故责任划分，对受害人进行赔偿。
- 同样地，如果车辆投有保险，保险公司会按照保险条款进行赔偿，但超出保险限额的部分则需要员工自行承担。
此外，还有一种特殊情况需要注意：
- 如果事故是由于车辆本身存在质量问题等因素而引发的，公司在向受害者进行赔偿之后，可以向车辆的制造商或者销售商进行追偿。
综上所述，员工驾驶公司车辆肇事后保险公司的赔偿算谁的赔款并没有一个固定的答案，而是需要根据具体情况（如员工是否在执行工作任务、是否存在故意或重大过失、车辆是否存在质量问题等）来确定赔偿责任的承担方。在一般情况下，如果员工是在执行工作任务时肇事且车辆投有保险，那么保险公司会首先在责任限额范围内进行赔偿；超出部分则根据公司和员工的具体责任情况来确定承担方。