当调解协议被认定无效时，您可以采取以下措施来处理：
首先，要明确调解协议无效的具体原因。调解协议可能因违反自愿原则、内容违法或其他不符合法律规定的情况而被认定无效。了解无效原因对于后续处理至关重要。
接下来，根据您的具体情况，您可以选择以下几种处理方式：
申请再审或变更协议：
- 如果调解协议是因违反自愿原则或内容存在瑕疵而被认定无效，您可以向法院申请再审，请求法院对原调解协议进行审查，并依法作出新的裁判。
- 同时，您也可以尝试与对方当事人协商，通过调解方式变更原调解协议或达成新的调解协议，以寻求双方都能接受的解决方案。
提起诉讼：
- 如果调解无法达成新的有效协议，或者您认为再审程序可能无法满足您的需求，您可以向人民法院提起诉讼。通过诉讼程序，法院将依法审理您的案件，并作出公正裁决，以明确双方的权利义务，解决争议。
灵活选择处理方式：
- 在处理过程中，您应根据实际情况和争议的性质，灵活选择处理方式。如果双方仍有和解的意愿，可以尝试重新进行调解，明确各自的需求和底线，寻求新的共识。
- 如果调解无望，或者争议涉及重大利益，您应坚决选择通过诉讼来维护自己的合法权益。
最后，需要强调的是，调解协议无效并不意味着您的争议无法解决。相反，它为您提供了更多的选择和可能性。您可以根据实际情况和自身需求，灵活选择处理方式，并密切关注案件进展，遵循法院的要求和指示，确保自身权益得到妥善保障。同时，了解适用的法律法规也是非常重要的，以便您能够依据现行有效的法律规定来维护自己在法律程序中的正当权利。